Ubicado a un costado de la Iglesia San Francisco. Conserva piezas del patrimonio religioso de la ciudad y esta a cargo de la comunidad franciscana, existe una colección de imaginería religiosa y objetos de culto correspondientes a la Colonia, la mayoría de origen cusqueño.

En el primer piso podemos encontrar imágenes de culto talladas en madera, algunos objetos utilizados en el convento o en la iglesia y una representación del rostro de Gabriela Mistral, quien era muy cercana a la congregación franciscana, las piezas más antiguas son: la imagen de Nuestra Señora del Carmen, del siglo XVI y el cuadro cusqueño del mismo período que representa el Cielo, el Infierno y el Purgatorio.

En el segundo piso, destacan vitrinas con las vestimentas de obispos y cardenales, incluyendo la utilizada por el primer cardenal de Chile, José María Caro, quien también fue arzobispo de La Serena.

También se conservan objetos que utilizaron los franciscanos como máquinas de escribir, radios, e incluso una motoneta con la que los frailes visitaban a los enfermos que se encontraban lejos del centro de la ciudad.